Jedes Team musste viermal gegen jedes andere Team in der Liga und zehnmal zusätzlich gegen örtlich nahegelegene Mannschaften spielen. Jedes Spiel bestand aus drei Dritteln à 20 Minuten. Im Fall, dass nach der regulären Spielzeit kein Sieger gefunden war, wurde das Spiel als unentschieden gewertet.
Ein Sieg in der regulären Spielzeit brachte einer Mannschaft zwei Punkte. Ein Unentschieden wurde mit einem Punkt vergütet. Für eine Niederlage gab es keine Punkte.
Die Plätze 1–8 waren automatisch für die Play-offs qualifiziert.
Für die jeweils nächste Runde qualifizierten sich die Mannschaften, die im Viertel- und Halbfinale gegen ihren Gegner von fünf Spielen die meisten gewonnen hatten. Die Sieger der Halbfinals zogen ins Finale ein, während die Verlierer im kleinen Finale um den dritten Platz spielten. Im Finale wurden ebenfalls fünf Spiele gespielt. Wer die meisten Spiele gewann, war Sieger der Saison. In der Runde um Platz 3 wurde lediglich ein Spiel gespielt. Die jeweiligen Gegner wurden so zusammengestellt, dass die bestplatzierte Mannschaft gegen die schlechteste spielt, die zweitbeste, gegen die zweitschlechteste, und so weiter. Ein Spiel dauerte, so wie in der Hauptsaison, insgesamt 60 Minuten. Nach der regulären Zeit wurden Verlängerungen von jeweils 20 Minuten Länge gespielt, bis ein Sieger durch ein entscheidendes Tor gefunden wurde.
Um nicht abzusteigen, musste sich die letztplatzierte Mannschaft der SM-liiga (in diesem Fall Pelicans Lahti) gegen drei Aufstiegskandidaten aus der zweiten finnischen Eishockeyliga (1. Division) beweisen. Die Aufstiegskandidaten waren zum einen die bestplatzierte Mannschaft der regulären Saison der 1. Division (Oulun Kärpät) und die erst- und zweitplatzierten Mannschaften der Play-offs (Vaasan Sport und Diskos Jyväskylä).
Es gab zwei Qualifikationsrunden, wobei in der zweiten Runde die Gewinner der ersten gegeneinander antraten. Wer die zweite Runde gewann, durfte in der SM-liiga bleiben bzw. in diese aufsteigen.
Oulun Kärpät stieg aufgrund des Ergebnisses der 2. Runde in die SM-liiga auf. Die Ligaleitung entschied nachträglich, dass die Pelicans Lahti nicht absteigen müssen und an der Saison 2000/01 somit 13 Mannschaften teilnehmen. Gleichzeitig wurde die SM-liiga für die kommenden Saisons geschlossen. Das bedeutet, dass keine Mannschaft mehr in diese Liga aufsteigen oder von dieser in eine andere Liga absteigen konnte.
