Zöggeler begann bereits als kleiner Junge mit dem Rodeln und wurde mit 14 Jahren Juniorenweltmeister. Obwohl bis zu den Olympischen Winterspielen 2006 in Italien keine homologierte Bob- und Rodelbahn vorhanden war, konnte er sich nach und nach an die Weltspitze heranarbeiten. Er wurde bei den Olympischen Spielen 2002 in Salt Lake City und 2006 in Turin jeweils Olympiasieger in seiner Disziplin.
Er ist (Sommerspiele eingeschlossen) der einzige Sportler weltweit, der bei sechs aufeinanderfolgenden Olympischen Spielen in einer Einzeldisziplin eine Medaille gewonnen hat, Gold (2002, 2006), Silber (1998), Bronze (1994, 2010, 2014).
Bei Rennrodel-Weltmeisterschaften hat Zöggeler insgesamt zehn Medaillen im Einsitzer gewonnen: sechsmal Gold, dreimal Silber und einmal Bronze. Dazu kommen eine Silber- und zwei Bronzemedaillen im Teamwettbewerb. Weltmeister wurde er 1995, 1999, 2001, 2003, 2005 und 2011. Außerdem ist er dreifacher Europameister (2004, 2008 und 2014) im Einsitzer, zusätzlich holte er Gold mit dem Team 1994 und gewann zehn Mal den Gesamtweltcup: 1998, 2000, 2001, 2004, 2006, 2007, 2008, 2009, 2010 und 2011. Damit ist er gemeinsam mit dem österreichischen Rodler Markus Prock Rekordhalter betreffend Gesamtweltcupsiegen.
Am 30. November 2013 holte Zöggeler beim Rennen in Winterberg mit einem zweiten Rang den 100. Podestplatz seiner Laufbahn, nachdem er erstmals 1992 in Sigulda als Drittplatzierter auf dem Podest gestanden hatte.[1] Am 26. Januar 2014 feierte er in Sigulda seinen 57. Weltcupsieg im Einsitzer, auch dies eine Rekordmarke. Bei den Olympischen Spielen in Sotschi gewann er Bronze. Danach beendete er seine Laufbahn als aktiver Sportler.[2] Seitdem ist er im Mitglied des Technikteams im italienischen Rodelverband FISI.