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Die 16 Vereine spielten zunächst in einer Doppelrunde die reguläre Saison aus. Die Abschlusstabelle diente als Grundlage für die Qualifikation zu verschiedenen Platzierungsrunden.
Die sechs bestplatzierten Vereine erreichten die Meisterschaftsrunde, die Teams auf den Plätzen sieben bis vierzehn spielten um einen möglichen internationalen Startplatz. Die beiden letztplatzierten Mannschaften spielten in der Relegation. Zu bemerken ist, dass in der Meisterschaftsrunde die Hälfte der erreichten Punktzahl aus den 30 Spielen der Vorrunde übertragen wurde, sodass die weiteren Begegnungen je nach Tabellensituation teilweise nur geringfügige Änderungen hervorrufen konnten.
Die sechs bestplatzierten Vereine der regulären Saison erreichten die Meisterschaftsrunde, die in einer Doppelrunde ausgetragen wurde. Dabei bekamen die teilnehmenden Mannschaften jeweils die Hälfte der in der regulären Saison erreichten Punkte gutgeschrieben. Bei halben Punkten wurde auf die nächsthöhere Punktzahl aufgerundet. Bei Punktgleichheit wurde der halbe Punkt bei den betroffenen Mannschaften wieder abgezogen.
Der Tabellenerste und der Zweite qualifizierten sich für die UEFA Champions League 2013/14, während der Tabellendritte einen Startplatz in der UEFA Europa League 2013/14 erhält. Der Viertplatzierte bestritt in Hin- und Rückspiel eine Playoff-Begegnung gegen den Gewinner der Play-off-Runde. Die Mannschaften auf den Plätzen fünf und sechs sind nicht international qualifiziert.
Die Mannschaften, die in der regulären Saison die Plätze sieben bis vierzehn erreicht haben, qualifizierten sich für die Play-offs. Die acht teilnehmenden Vereine wurden gemäß ihrer Platzierungen in zwei Gruppen mit je vier Teams aufgeteilt (Gruppe A: 7, 9, 12, 14 − Gruppe B: 8, 10, 11, 13), in denen jeweils eine Doppelrunde ausgespielt wurde.
Die beiden Gruppensieger ermittelten anschließend in einem Hin- und Rückspiel den Teilnehmer an den Europa-League-Playoffs. Dort spielte er gegen den Viertplatzierten der Meisterrunde um einen Startplatz in der UEFA Europa League 2013/14.
Der Letzt- und Vorletztplatzierte der regulären Saison bestritten die Relegation. Es wurden vier Spiele zwischen den beiden Mannschaften ausgetragen (da nach vier Partien bereits der Sieger feststand, entfiel das fünfte Spiel). Dabei erhielt der Vorletzte der regulären Saison (Beerschot AC) einen Bonus von drei Punkten und durfte zusätzlich ein Heimspiel mehr austragen als der Letzte Cercle Brügge.
Cercle Brügge gewann drei der ersten vier Partien und stand damit uneinholbar trotz der 3 Bonuspunkte für Beerschot AC als Relegationssieger fest. Brügge bestreitet nun eine zusätzliche Relegationsrunde mit drei Teams aus der 2. Division, in der sich nur der Sieger für die Pro League qualifiziert. Der Verlierer der Relegation Beerschot AC steigt hingegen direkt in die zweite Liga ab.