Die Saison 1993/94 der Fußball-Oberliga Nordost war die dritte und gleichzeitig letzte Spielzeit der Oberliga Nordost als dritthöchster Spielklasse auf dem Gebiet der Bundesrepublik Deutschland. Zur Folgesaison 1994/95 wurde die 1993/94 noch in drei Staffeln (Nord, Mitte und Süd) ausgetragene Oberliga Nordost aufgrund der Wiedereinführung der Regionalligen viertklassig und auf zwei Staffeln reduziert (Nord und Süd). Darum war neben dem Aufstieg in die 2. Bundesliga über die letztmals ausgespielte Relegation auch die Qualifikation zur neugegründeten Regionalliga Nordost möglich. Schließlich stieg der FSV Zwickau in die 2. Bundesliga auf, während 16 weitere Mannschaften die Eingliederung in die Regionalliga erreichten.
In der aufgrund des Aufstiegs von Tennis Borussia Berlin in der Vorsaison lediglich mit 15 Mannschaften ausgetragenen Nord-Staffel erreichte der BSV Brandenburg die Relegationsspiele zur 2. Bundesliga, während der Eisenhüttenstädter FC, die Berliner Vereine Reinickendorfer Füchse, FC Berlin und Spandauer SV 1894 sowie der FSV Optik Rathenow die Eingliederung in die Regionalliga erreichten. Dabei profitierte Rathenow vom Verzicht des eigentlich stattdessen aufstiegsberechtigten 1. FC Schwedt. Die Amateurmannschaft von Hansa Rostock wurde abgeschlagen Letzter der Abschlusstabelle und stieg damit in die Landesliga ab, nachdem die Mannschaft aufgrund finanzieller Engpässe zu Saisonbeginn gänzlich durch Jugendspieler ersetzt worden war. Weiterhin ging die Mannschaft Bergmann-Borsigs zum Ende der Spielzeit im SV Preußen Berlin auf, so dass dieser zur Folgesaison den Platz Bergmann-Borsigs in der Nord-Staffel einnahm.
In der mit 16 Mannschaften ausgetragenen Süd-Staffel erreichte der FSV Zwickau als ungeschlagener Tabellenführer die Relegationsspiele zur 2. Bundesliga, während der ebenfalls ungeschlagene Zweitplatzierte, Rot-Weiß Erfurt, lediglich die Eingliederung in die Regionalliga erreichte. Selbige konnten auch Erzgebirge Aue, Sachsen Leipzig und der 1. FC Markkleeberg erspielen, doch zog der 1. FC Markkleeberg seine Mannschaft schließlich vom Spielbetrieb zurück, so dass der Verein den Abstieg aus der Oberliga hinnehmen musste, während stattdessen der Bischofswerdaer FV in die Regionalliga eingegliedert wurde. Ebenfalls stieg der Dresdner SC aus der Oberliga Nordost ab, wobei lediglich das Torverhältnis für den punktgleichen FSV Hoyerswerda gesprochen hatte.
Zur Aufstiegsrunde zur 2. Fußball-Bundesliga qualifizierten sich die jeweiligen Staffel-Sieger der Oberliga Nordost, woraufhin sich die Mannschaften jeweils im Hin- und Rückspiel gegenüberstanden und somit je vier Partien zur Bestimmung des Aufsteigers absolvierten. Die als Ersatz für den Sieger der Staffel Mitte 1. FC Union nachgerückte Mannschaft von Energie Cottbus verlor alle vier Spiele, weshalb die direkten Aufeinandertreffen der Sieger der Süd- und der Nord-Staffel entscheidend waren. Dabei gewann der FSV Zwickau sein Heimspiel gegen den BSV Brandenburg mit 2:1, während die gleiche Begegnung in Brandenburg mit 1:1-Unentschieden endete. Somit gelang dem FSV der Aufstieg in die zweithöchste Spielklasse, Brandenburg und Cottbus wurden in die drittklassige Regionalliga eingegliedert.
